以前は近鉄の伊賀線として運行していたが２００７年に近鉄から引き継いだのが伊賀鉄道である。そのため車両は近鉄から借り受けた車両を使用していたが現在は東急からの譲渡車を使用している。また伊賀は忍者の里としても有名で以前から「忍者電車」を運航している。近鉄やＪＲ関西本線との接続をよくすることで観光客の利用も増えてきている。