国鉄が分割民営化するさい東京を中心に東北地方、関東地方と中部地方の一部がＪＲ東日本の管轄である。首都圏を中心に路線が発達しており運行本数もとても多い。また地方路線も車両を新しくするなどサービスの向上に努めている。車両はＪＲ東日本独自のものが増えており「Ｅ」の形式がつくものが増えている。営業収入はＪＲ各社の中で最も高い。
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| Ｅ６５７系「フレッシュひたち」 | Ｅ２５７系「あずさ」 |
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| Ｅ２５９系「成田エクスプレス」 | ２５３系「成田エクスプレス」 |
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| ２５５系「しおさい」 | Ｅ２５７系「かいじ」 |
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| ４８５系「いろどり」 | Ｅ６５３系 |
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| １８９系「快速・妙高」（信越本線） | ４８５系「快速・くびき野」（信越本線） |
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| １８５系「湘南ライナー」（東海道本線） | ２１５系「湘南ライナー」（東海道本線） |
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| Ｅ２３３系「通勤快速」（東海道本線） | Ｅ２３１系（東海道本線） |
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| Ｅ２３１系（山手線） | Ｅ２３３系「快速」（京浜東北線） |
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| Ｅ２３３系「快速」（中央本線） | ２０９系（総武本線） |
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| Ｅ２３３系「快速」（京葉線） | ２０５系（武蔵野線・京葉線） |
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| Ｅ２３１系（常磐線） | Ｅ２３３系千代田線乗り入れ車両（常磐線） |
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| Ｅ５３１系（常磐線） | ４１５系（常磐線） |
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| Ｅ２３３系（埼京線） | Ｅ２１７系（横須賀線） |
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| ２０５系（南武線） | ２０５系（南部支線） |
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| ２０５系（鶴見線） | Ｅ２３３系（横浜線） |
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| Ｅ２３１系（湘南新宿ライン） | Ｅ２３１系（高崎線） |
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| Ｅ２３１系（東北本線・宇都宮線） | Ｅ２３３系（中央線） |
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| １１５系（中央本線） | ２１１系（中央本線） |
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| １０７系（両毛線） | １１５系（両毛線） |
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| １１５系（上越線） | １１５系（上越線） |
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| １１５系（信越本線） | １１５系（信越本線） |
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| ２０９系（内房線） | ２０９系（外房線） |
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| ２０９系（東金線） | ２０９系（総武本線） |
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| ２０９系（成田線） | ２０９系（鹿島線） |
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| １１５系（大糸線） | キハ１１０（八高線） |
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| キハ１１０（小海線） | キハ４０・４８「越乃Shu*Kura」 |